Parcours Mer, Anthropisation, Diagnostic

L’UE est enseignée sous forme de 3 approches analytiques :
― Approches statistiques sur l’interface RStudio: statistiques descriptives, modèles linéaires et modèles linéaires généralisés à effets fixes, analyses multivariées.
― Approches mathématiques et bioinformatiques : cas concrets de modèles mathématiques conceptuels, utilisation/calibration/gestion de bases de données volumineuses, confiance des données.
― Approches spatiales SIG : gestion et traitement de l’information géographique sous logiciel GGIS, géoréférencement, digitaliser/numériser de l’information, identifier et appliquer les traitements pour extraire des données géographiques et paysagères, savoir réaliser des cartes et documents synthétiques, utilisation/manipulation de données “vecteur”.

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Contenu :

Cycles biogéochimiques :
Concepts de réservoir, flux, temps de résidence. Notions d’éléments conservatifs, en¬fouis et recyclés. Exemples et propriétés de cycles (oxygène, azote, phosphore…).

Fonctionnement biogéochimique des sols :
Propriétés du sol, principaux types de sols, altération des roches, minéralogie des ar¬giles, eau dans les sols, interactions sol-plantes-microorganismes.

Fonctionnement biogéochimique des systèmes aquatiques :
Rappel sur les processus chimiques en solution (équilibres thermodynamiques, ré¬actions redox, acide/base). Fonctionnement géochimique des milieux aquatiques et sédimentaires (lacs, rivières et océans) sous l’influence de la variabilité naturelle et des activités humaines.

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Cycles biogéochimiques :

Concepts de réservoir, flux, temps de résidence. Notions d’éléments conservatifs, en¬fouis et recyclés. Exemples et propriétés de cycles (oxygène, azote, phosphore…).

Fonctionnement biogéochimique des sols :

Propriétés du sol, principaux types de sols, altération des roches, minéralogie des argiles, eau dans les sols, interactions sol-plantes-microorganismes.

Fonctionnement biogéochimique des systèmes aquatiques :

Rappel sur les processus chimiques en solution (équilibres thermodynamiques, réactions redox, acide/base). Fonctionnement géochimique des milieux aquatiques et sédimentaires (lacs, rivières et océans) sous l’influence de la variabilité naturelle et des activités humaines.

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Cet enseignement sera dispensé en 3 volets :
― Biologie des populations : Lois de croissance, matrice de Leslie, les différents types de variation régulière et irrégulière d’abondance, stratégies de reproduction, facteurs de régulation, métapopulations.
― Écologie des communautés : Traits fonctionnels, compétition et coexistence interspécifique, interactions prédateurs proies et réseaux trophiques.
― Écologie Comportementale : Compromis adaptatif, modélisation du comportement, ESS, recherche alimentaire et territorialité, comportement et conservation.

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Contenu

Étude des processus évolutifs par lesquels la biodiversité répond aux changements de l’environnement et les différentes échelles de temps auxquels ces processus ont lieu.
Méthodes d’investigation de l’évolution
― Outils de génétique des populations et génétique quantitative.
― Évolution phénotypique : normes de réaction et paysages adaptatifs.
L’évolution rapide
― Pièges écologiques, résistances, ressources naturelles.
― Stratégies d’histoire de vie.
― Processus éco-évolutifs : invasions biologiques, contacts secondaires, hôtes-pathogènes.
― Évolution et urbanisation.
L’évolution sur le temps long
― L’ADN dans le passé : horloge moléculaire et calibration, ADN ancien.
― Mécanismes déclencheurs des crises biotiques.

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Étude des processus évolutifs par lesquels la biodiversité répond aux changements de l’environnement et les différentes échelles de temps auxquels ces processus ont lieu.
Méthodes d’investigation de l’évolution
― Outils de génétique des populations et génétique quantitative.
― Évolution phénotypique : normes de réaction et paysages adaptatifs.
L’évolution rapide
― Pièges écologiques, résistances, ressources naturelles.
― Stratégies d’histoire de vie.
― Processus éco-évolutifs : invasions biologiques, contacts secondaires, hôtes-pathogènes.
― Évolution et urbanisation.
L’évolution sur le temps long
― L’ADN dans le passé : horloge moléculaire et calibration, ADN ancien.
― Mécanismes déclencheurs des crises biotiques.

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Contenu

L’écologie a connu une véritable révolution conceptuelle quand elle a été décrite à travers une approche systémique. Comprendre le fonctionnement des écosystèmes et leurs structures est la base théorique nécessaire pour tous les acteurs et gestionnaires de la biodiversité.
Pour ceci, nous appréhenderons
― le fonctionnement des systèmes
― La théorie de l’organisation hiérarchique et structurale du vivant.
― le couplage entre les flux d’énergie et les flux de matière.
―la dimension fractale dans les mondes du vivant
― Une présentation de la diversité des écosystèmes : cartographie générale des habitats liés aux milieux marins
L’écologie de la restauration (principes et exemples) seront aborder dans un 2ième temps.

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― Permettre aux étudiants de continuer à travailler les cinq compétences en langue (compréhensions écrite et orale, expression écrite et orale, et interaction orale) à travers des supports authentiques (articles, documentaires, documents audio et vidéo d’internet, graphiques…) et des activités variées (exercices de compréhension, d’expression écrite, jeux de rôle, débats, présentations orales…).
― Étoffer les connaissances lexicales notamment dans le domaine de spécialité.
― Améliorer la prononciation (bases de phonologie).
― Revoir et comprendre des points de langue (les temps par exemple).

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Formations du SUIO-IP : atelier CV, atelier pitch, atelier «Trouve ton stage», préparation aux entretiens.
Présentation et la connaissance des métiers auxquels forment le master.
GeB : ateliers de travail (présentation de la structure, des métiers et mise en situation) en lien avec la gestion de la biodiversité : bureau d’étude (Biotope), association naturaliste (LPO), fédération des chasseurs.
MAD : recherche des acteurs du marché du travail selon le projet de l’étudiant autour des métiers en lien avec la recherche scientifique. Découverte des acteurs professionnels par participation aux tables rondes mises en place par les étudiants du M2 dans l’UE transition écologique. Participation aux auditions des soutenances de stage des M2.

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1 . Dynamique spatio-temporelle des environnements sédimentaires et géochimiques en domaine littoral (baies marines, lagunes, plages) :
― Méthodes d’étude en milieux côtiers.
― Cas d’étude : trajectoire hydro-sédimentaire du Bassin d’Arcachon, estuaire de la Loire ….
― Sortie terrain (Estuaires bretons, plages vendéennes).
2 .Vulnérabilité des littoraux :
― Niveau marin, submersion marine, pollution …
― Gestion des plages.
― Bioindication et biomonitoring.
― Cas d’études : DCE Méditerranée, estuaires bretons, ports ...

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L’UE est enseigné sous forme de 2 approches analytiques :
― Analyses d’enquêtes et d’interviews : Il s’agit ici de savoir construire et conduire des questionnaires et des interviews. Les méthodes d’analyses de ces don-nées seront aussi exposées (analyses multivariées).
― Approches en géomatique : Ce cours est conçu pour renforcer les connaissances des outils de géomatiques et d’analyses spatiales. Cet enseignement s’inscrit dans la continuité du module du 1er semestre en abordant le traitement et l’analyse des données “raster”.

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Depuis la fin des années 1970, certains courants de l’écologie se sont dès lors évertués à comprendre le monde par le prisme du concept de « socio-écosystème», c’est-à-dire d’un système où les dynamiques écologiques, socio-économiques, ou encore culturelles sont indissociables et requièrent d’être appréhendées de concert. Il devient crucial, pour comprendre l’évolution des écosystèmes, de disposer d’outils conceptuels et méthodologiques permettant de naviguer au sein des socio-écosystèmes et d’investir les relations entre les humains et leur environnement de manière intégrée.
― Acquérir des connaissances de bases sur les théories des socio-écosystèmes, des services écosystémiques, des NCP.
― Avoir une vision générale de différentes traditions disciplinaires s’attachant à la compréhension des relations humains-environnement afin d’en comprendre les atouts et limites respectives, et savoir les mobiliser à bon escient.

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Contenu de l'enseignement :

― Facteurs de déclin de la biodiversité, focus sur les invasions biologiques.
― Quel objectif de conservation dans un environnement changeant ?
> Dynamique et trajectoire des systèmes dans la conservation : dette extinction, transition des écosystèmes.
> Intégrer la composante spatiale, de la métapopulation à la méta-communauté.
― Instances et institutions nationales, européennes et internationales.
― Statut des espèces : protection, fonction écologique ou intérêt sociétal.
― Réintroduction, renforcement et introduction assistée (ERASMUS R. tchèque).
― Conserver une espèce, une communauté ou un écosystème ? Travail sur cas d’études.
― Réponse à appel à projet fictif sous forme d’atelier

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Contenu de l'enseignement

― Découverte des acteurs professionnels : conférences de présentation de leurs métiers respectifs (s’appuyant sur le réseau d’alumni du master précédent).
― Organisation d’évènements par mise en place de tables rondes de discussion avec différents acteurs des différentes catégories (recherche/diagnostics/gestion).
MAD : organisation de la Summer School avec une demi-journée avec des intervenants extérieurs par ex. demande de bateau à la flotte.
GeB : contribution à l’organisation de l’exposition sur la gestion des zones humides organisée par les M2 GeB (UE 3PE Projets).

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Familiarisation avec l’univers professionnel, mise en application de ses connaissances et acquisition de nouvelles compétences. Mise en pratique et approfondissement des connaissances et compétences acquises. Capacité de l’étudiant à travailler dans un contexte professionnel ou sa capacité de prise d’initiative et de responsabilisation sera mise en valeur.
Avant d’engager un processus de convention, une problématique de stage doit être définie en lien avec les enseignements suivis, au mieux avec le projet professionnel envisagé. Cet exercice pédagogique contribue à la transition entre l’enseignement supérieur et le monde professionnel.

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Présentation des outils de diagnostic en milieu marin côtier (indices biotiques, indices environnementaux, cadre règlementaire Européen).
Approches à différents types de perturbation anthropique à travers l’étude de cas de :
― Contamination diffuse (ex. DCE Méditerranée).
― Impact physique (ex. Éolien off-shore, dragage, clapage, chalutage,...).
― Impact chimique/organique (ex. plateformes pétrolières, eutrophisation).
Etudes de projets scientifiques/ rapports de diagnostic avec des approches pluridisciplinaires (ex. Rapports DCE).

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Contenu :

― Définition des proxies.
― Principes de calibration et d’utilisation des proxies micropaléontologiques les plus utilisés.
― Méthodes de calibration des proxies micropaléontologiques (depuis l’écologie à l’archive, MAT, …).
― Foraminifères benthiques – État de l’art depuis l’écologie, la systématique, la biologie jusqu’à l’application paléo-écologie (avec les avantages et les biais des processus taphonomiques).

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― Fonctionnement général des estuaires.
― Écologie Benthique.
― Cas d’étude (Loire, Gironde, etc…).
― Accompagnement projets et soutenances.

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Le module vise à présenter les principaux facteurs de contrôle de la dynamique spatiale et temporelle d’écosystèmes marins, des côtes à l’océan ouvert (e.g., dorsales, plaines abyssales, canyons, OMZ,..).
Un focus particulier sera fait sur les mécanismes de transfert continent-océan (cascading, downwelling/upwelling) et leurs possibles effets écologiques (altération de l’état trophique, épuisement en oxygène..).
Les méthodes d’étude écologique adaptées à ces écosystèmes, sous l’enjeux des activités anthropiques et des changements climatiques seront également abordées.

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Cette UE s’inscrit dans la suite des modules Outils analytiques 1 et 2. Elle est enseignée à travers 2 approches et complétée par un projet analytique mobilisant des compétences transversales :
― Approches statistiques : modèles linaires généralisés à effets mixtes (GLMM), modèles hiérarchisés (emboités), sélection de modèles (sur critères, déviance), analyses des résidus, Bootstrap, modèles additifs généralisés (GAM), séries temporelles (méthode ARMA/ARIMA), validation croisée, notion d’autocorrélation.
― SIG/télédétection : télédétection, ce qui inclut les bases physiques, types de capteurs, acquisition d’information, photo-interprétation, analyse et traitement des différentes données satellitaires
― Projet transversal : travail par groupe sur des jeux de données permettant des analyses approfondies en SIG, statistiques et/ou compréhension d’un processus déterministe.

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L’objectif est de maitriser les cycles de vie d’un projet et les outils pour son montage, sa mise en œuvre et son évaluation. Elle abordera aussi les questions de management d’équipes et son positionnement dans un organigramme, une structure ou un projet.
Pour le cycle de vie du projet les enseignements théoriques permettront d’aborder les outils suivants :
- cadre logique
- chaîne de résultats
- diagramme de Gantt
- mind mapping
Les outils d’évaluation s’orienteront vers ceux issus de «la gestion orientée impact ».
Un exercice de montage de projet et/ou de réponse à un appel d’offre réel sera proposé aux étudiants.
La partie management sera animée par des professionnels venant de diverses structures (bureau d’études, ONG, administrations, entrepreneurs …) qui viendront
mettre en situation les étudiants avec des jeux de rôles où acquisition de méthodologies et gestion de cas réels se mêleront.

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Le rôle du droit dans les socio-éco-systèmes :
Parmi tous les paramètres des socio-éco-systèmes, tant agraires que littoraux, le droit de l’environnement joue un rôle croissant. Il constitue à la fois un
volet du diagnostic territorial et une régulation sociale de l’espace concerné.
Cette UE contiendra :
― une introduction au droit de l’environnement (initiation globale au droit),
― un échantillonnage des catégories de réglementations variant selon leur valeur juridique (internationale, législative, réglementaire, individuelle) mais aussi selon les mécanismes juridiques mobilisés
Pour illustrer cette «juri-diversité», l’enseignement mobilisera logiquement des règlementations applicables aux espaces et milieux naturels concernés par le master. Les étudiants s’initieront à l’activité de «veille juridique» en réalisant une fiche juridique sur une réglementation de leur choix.

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L’UE consistera en :
― un décryptage des différents acteurs au niveau scientifique, professionnel et institutionnel pour éclaircir les compétences respectives, identifier les décideurs, les
financeurs, les acteurs
― quelques cas d’études des contradictions potentielles entre lobbying privé, enjeux associatifs et/ou politiques et expertise scientifique (dont la fresque du
climat) pour amener les étudiants à s’approprier une déontologie et à organiser des débats construits.
Le volet pratique consistera en l’organisation de tables rondes par les étudiants autour d’enjeu de transition écologique associant les différents acteurs.

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Cette UE va permettre aux étudiants :
― de continuer à travailler les cinq compétences en langue (compréhensions écrite et orale, expressions écrite et orale, et interaction orale) à travers des supports authentiques (articles, documentaires, documents audio et vidéo d’internet, graphiques…) et des activités variées (exercices de compréhension, d’expression écrite, jeux de rôle, débats, présentations orales…)
― d’étoffer les connaissances lexicales notamment dans le domaine de spécialité
― améliorer la prononciation (bases de phonologie)
― revoir et comprendre des points de langue (les temps par exemple)

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Cette UA aborde les méthodes d’élaboration et validation d’indices biologiques pour le diagnostic environnemental
dans les milieux marins (BQI, AMBI, Foram-AMBI, index Posidonies…)
Les travaux Pratiques se baseront sur l’application des indices à partir des données réelles (calcul d’indices, analyses de données, interprétation).
L’élaboration d’un rapport d’évaluation (type DCE) basés sur les cas d’étude abordés sera demandée.

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Les cours magistraux porteront sur le fonctionnement de la recherche en France et à l’étranger (bibliométrie des publications, impact factors des revues scientifiques, etc).
Un travail personnel sera demandé :
― choisir 2 sujets d’actualité en bio-géosciences marines
― établir une recherche scientifique dans les revues à audience large en anglais (Nature, Science, etc).
― travailler autour des papiers scientifiques en question.
― préparer des tables rondes.
Les travaux pratiques consisteront en une animation de 2 tables rondes et discussion en anglais des sujets d’actualité.

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Le module permettra un focus sur les caractéristiques écologiques et le diagnostic environnemental en milieux marins caractérisés par des conditions climatiques différentes et spécifiques.
Des cas d’études permettront d’aborder l’amplification polaire et les effets des changements climatiques en milieu polaire, le rôle des océans polaires et sub-polaires dans le cycle du C, les “oxygen minimum zones”, la téléconnexion climatique et océanique.
De plus un travail spécifique sur le rapport du MEDECC (The network of Mediterranean Experts on Climate and Environmental Change) permettra d’effectuer une analyse de texte scientifique, de connaitre la Méditerranée en tant qu’hotspot climatique et d’aider à la réflexion commune sur l’identification de défis scientifiques futurs.

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Cette unité sera organisée au cours d’une semaine et sera associée à une summer school internationale avec la participation d’étudiants et de scientifiques étrangers. Toutes les interventions seront en anglais. Les étudiants seront en charge d’organiser une sortie terrain en fonction de l’objectif de la summer school qui pourra varier d’une année à l’autre. Les projets tourneront autour de la détermination de la qualité du milieu et des états de références, du fonctionnement des écosystèmes et paléoenvironnements. Ce projet inclura du terrain au cours duquel des échantillons seront prélevés puis traités en laboratoire. Les données acquises données seront analysées et synthétisées.

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Le stage permet de se familiariser avec l'univers professionnel, d'y mettre en application ses connaissances et d'acquérir de nouvelles compétences.  Il permet la mise en œuvre de connaissances théoriques dans un cadre professionnel et offre une expérience du monde non académique ou académique et des métiers associés. 

Le stage doit être une expérimentation de la capacité de l’étudiant à travailler dans un contexte réel. Il s’agit de stages-missions qui doivent laisser à l’étudiant une large part d’initiative et de responsabilité.  

La recherche de stage est accompagnée par le ou les responsables des stages du Master 2. La convention de stage est établie avec un professionnel et validée par le responsable de la formation.

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Le stage permet de se familiariser avec l’univers professionnel, d’y mettre en application ses connaissances et d’acquérir de nouvelles compétences. Il permet la mise en œuvre de connaissances théoriques dans un cadre professionnel et offre une expérience du monde non académique ou académique et des métiers associés.
Le stage doit être une expérimentation de la capacité de l’étudiant à travailler dans un contexte réel. Il s’agit de stages-missions qui doivent laisser à l’étudiant une
large part d’initiative et de responsabilité. La recherche de stage est accompagnée par le ou les responsables des stages du Master 2. La convention de stage est établie avec un professionnel et validée par le responsable de la formation

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