M2 l Parcours Santé des plantes

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— Classification des modèles appliqués à la biologie des plantes (typologie-théorie) : Functional-Structural Plant Models, Process-Based Models, agent-based models (etc.)
— Théorie des L-systèmes (programmation des plantes virtuelles)
— TP : travail avec les plantes virtuelles (modèles 3D écophysiologiques/modèles d'interactions plantes-ravageurs)

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Le module propose de solutionner un problème ouvert d’analyse de données. Le travail prend la forme d’un challenge. Les données associées sont présentées lors d’une première séance de CM de 2 heures qui permet d’analyser le problème posé. Les outils nécessaires sont rappelés ou introduits lors de 6 séances de TD de 2 heures. Le travail est réalisé en groupe de TP à raison de 2 fois 4H de TP par semaine sur 4 semaines.

Les données considérées seront des données de phénotypage (images, séries temporelles, données climatiques, …) pour des taches d’apprentissage supervisé ou non supervisé de type classification ou régression.

L’évaluation du travail se fera sous la forme d’un dossier correspondant aux comptes rendu de TP de chaque séance et d’un réponse au problème posé. Le tout sera complété par une soutenance orale par groupe.

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— Les qualités des produits végétaux : Définition, diversités
— Caractérisations et évaluations de la qualité, approche technologique (méthodes analyses et outils).
— Maîtrise de la qualité en production et post-récolte (conservation, transport)
— Maladies physiologiques en pré- et post-récoltes
— Qualité des plantes en milieux contraignants (Murs et toitures végétalisées, pelouses de stades, agriculture urbaine…)
— Qualité et santé humaine
— Valorisations de la qualité auprès des consommateurs (réglementation, certification et protection juridique ...) 

Interventions de conférenciers sur les différents thèmes et travaux de groupes

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La plante cultivée en production, si elle est soumise à un environnement biotique et abiotique contraint, peut présenter un développement altéré. Des exemples non exhaustifs des voies de signalisation déclenchées par la plante en réaction aux facteurs écologiques seront étudiées. Il s’agira de mettre en évidence, dans cette réponse, aussi bien des voies spécifiques que des voies croisées (synergiques ou antagonistes). Acquérir une bonne connaissance des voies de réaction de la plante apportera une aide décisionnelle et une meilleure maitrise des opérations culturales à mettre en œuvre. Des mécanismes de signalisations moléculaires importants contrôlant le développement des plantes intervenant aussi bien à l’échelle intracellulaire qu’intercellulaire au niveau local et systémique seront traités. Les thèmes évoqués en cours seront approfondis par une analyse d’articles réalisée par les étudiants.

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Ce module présente les mécanismes moléculaires, cellulaires et génétiques influant sur l’interaction entre plantes et micro-organismes parasites ou mutualistes. Sont notamment présentées les réponses de défense des plantes et les facteurs de pathogénicité des bactéries et mycètes.

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— Notion d’espèces chez les bactéries et champignons associés aux plantes, intérêt pour le diagnostic et la lutte contre les pathogènes, évolution des populations pathogènes et auxiliaires
— Connaissance des microbiotes associés aux plantes et de leur fonctionnement, intérêt pour le développement de méthodes de lutte

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L’objectif de ce module est de fournir aux étudiants des connaissances scientifiques et méthodologiques nécessaires à l’analyse des problèmes de protection des plantes au sein des agrosystèmes et à l’accompagnement de méthodes de protection innovantes.
Seront abordés notamment des éléments concernant :
— Lutte par prophylaxie et pratiques culturales
— La lutte chimique :
mode d’action des pesticides et gestion des résistances
— Les méthodes physiques de protection des cultures
— Les stratégies de Bio contrôle
— Priming et stimulateurs de défense des plantes

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L’objectif de ce module est d’apporter aux étudiants plusieurs regards actuels sur les techniques les plus récentes utilisées en amélioration des plantes. Certains des exemples traités porteront sur la résistance aux maladies, d’autres non, mais tous seront applicables à l’objectif d’amélioration de la résistance des populations végétales cultivées aux agents pathogènes. Les thèmes abordés, sous formes de conférences, d’analyse de jeux de données originaux et d’articles de synthèse seront choisis en fonction des choix des étudiants et des disponibilités parmi les suivants : Génétique d’association et GWAS, durabilité des résistances et sa modélisation, techniques RNAseq, Silencing post transcriptionel et petits ARNs, épigénétique.

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Les étudiants devront mener individuellement ou en groupe un projet bibliographique en lien avec le parcours choisi et le projet professionnel de l’étudiant :
— soit le projet a une orientation recherche et correspond à proposer une réponse à un appel à projets de type ANR ou thèse CIFRE
—  soit le projet vise à répondre à une problématique proposée par un commanditaire professionnel.

En préambule, les étudiants seront accompagnés par des interventions concernant les concepts et outils de la démarche de conduite de projet.

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— Entretien individuel, bilan de compétences
— Participation au SIVAL
— Initiation au management d’équipe (MOOC)

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— Réglementation des produits phytosanitaires
— Exigences en amont et aval de l’homologation.
— Contraintes réglementaires croissantes de l’utilisation des produits phytosanitaires
— Contexte de respect de l’environnement et de la santé.
— Surveillance épidémiologique des risques imputables aux substances chimiques

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Cet enseignement a pour objectif de présenter plus en détail les enjeux , l'histoire, les acteurs,  les mécanismes, les risques et le marché du biocontrole. Ce spectre de connaissances doit permettre d'identifier les limites et les risques liés au biocontrôle et d'évaluer la solidité des solutions proposées.

Sont notamment abordés la lutte biologique contre les maladies aériennes, contre les insectes et les adventices ― Systèmes sensoriels et médiateurs chimiques.
― La confusion sexuelle ; Médiateurs chimiques et protection des plantes.
― PBI principe et mise en œuvre

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Le stage de fin d’études achève la formation de second cycle. Il permet aux étudiants non seulement, de mobiliser et de valoriser leurs compétences, les connaissances et les méthodes de travail acquises durant leur formation, mais aussi, d’acquérir des connaissances et une expérience professionnelle dans un domaine vers lequel ils souhaitent s’orienter.

Le stage de fin d’études a pour objectif d’analyser un questionnement scientifique, clairement formulé par l’encadrant de stage, dans le cadre d’un projet ou d’une étude réalisé(e) au sein d’une structure professionnelle. Il s’agit d’un stage de niveau bac + 5, thématique et méthodologique qui doit permettre à l’étudiant de mettre en œuvre ses acquis. Ainsi, il est demandé d’intégrer une problématique et d’y participer activement à plusieurs échelles : analyse bibliographique, réflexion sur le questionnement scientifique, proposition, mise au point d’une méthodologie, réalisa- tion suivant les cas d’expérimentations, d’enquête..., réflexion, analyse et interpréta- tions des résultats, réflexions critiques, proposition de perspectives.

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― Communiquer la science de manière efficace et rigoureuse.
― Technique de la rédaction scientifique.
― Outils de communication verbale.

Les étudiants assisteront aux séminaires de recherche locaux ainsi qu’à la journée des doctorants.

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Le stage de fin d’études achève la formation de second cycle. Il permet aux étudiants non seulement, de mobiliser et de valoriser leurs compétences, les connaissances et les méthodes de travail acquises durant leur formation, mais aussi, d’acquérir des connaissances et une expérience professionnelle dans un domaine vers lequel ils souhaitent s’orienter.

Le stage de fin d’études a pour objectif d’analyser un questionnement scientifique, clairement formulé par l’encadrant de stage, dans le cadre d’un projet ou d’une étude réalisé(e) au sein d’une structure professionnelle. Il s’agit d’un stage de niveau bac + 5, thématique et méthodologique qui doit permettre à l’étudiant de mettre en œuvre ses acquis. Ainsi, il est demandé d’intégrer une problématique et d’y participer activement à plusieurs échelles : analyse bibliographique, réflexion sur le questionnement scientifique, proposition, mise au point d’une méthodologie, réalisa- tion suivant les cas d’expérimentations, d’enquête..., réflexion, analyse et interpréta- tions des résultats, réflexions critiques, proposition de perspectives.

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