Master | Biologie végétale

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Stress hydrique et minéral : Impact sur la physiologie des plantes
― Stress minéral : Impact du déséquilibre minéral induit par carence ou excès en éléments minéraux ;
― Stress hydrique : Impact de la restriction hydrique induite par la sècheresse ou l’ennoiement ;
― Stress salin : Impact du stress osmotique et de la toxicité induite par l’accumulation d’ions Na+.
Gestion de la fertirrigation en culture
― Gestion et pilotage de la fertirrigation en culture en sol, en hors-sol et en verger : Elaboration des solutions fertilisantes, méthodes d’apports, pilotage des fertirrigations, les substrats de culture hors-sol : propriétés et différents types.

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Développement et élaboration de la qualité de la plante cultivée
Multiplication végétative et sexuée des plantes cultivées
― Dormances, reprise de croissance et croissance secondaire chez les ligneux
― Élaboration de la biomasse
― Mise en réserves et mobilisation des réserves carbonées et azotées
Conduites culturales pour l’élaboration de la plante et produits végétaux :
― Conduite de grandes cultures
― Vergers et conduite de l’arbre fruitier : Type de vergers, maîtrise de l’équilibre vigueur/fertilité de l’arbre fruitier par porte-greffe, taille, éclaircissage, arcure.
― Conduite des plantes horticoles sous abris : Maîtrise des facteurs climatiques sous abris (T°, lumière, CO2) et moyens (équipements thermiques, éclairages, fumure carbonée), quelques exemples de conduites culturales.

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Dans cette UE, la diversité des bioagresseurs des végétaux sera explorée à partir d’exemples des principaux pathogènes fongiques, bactériens, viraux, et de plantes parasites. Les mécanismes fondamentaux structurant les communautés de microorganismes permettront d’en comprendre les cycles biologiques, la diversité génétique et pathologique. Les outils de biologie moléculaire pour la détection et le suivi épidémiologique des populations de bioagresseurs seront présentés à l’occasion de Cours Magistraux et séances de Travaux Pratiques.
L’objectif est de montrer comment l’intégration de ces connaissances des populations pathogène permet d’envisager comment mettre en place les méthodes de détection et de lutte les mieux adaptées.

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— Classification des modèles appliqués à la biologie des plantes (typologie-théorie) : Functional-Structural Plant Models, Process-Based Models, agent-based models (etc.)
— Théorie des L-systèmes (programmation des plantes virtuelles)
— TP : travail avec les plantes virtuelles (modèles 3D écophysiologiques/modèles d'interactions plantes-ravageurs)

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Le contenu de cet enseignement concerne : une remise à niveau de l’interface analytique (Rstudio), des modèles linéaires à effets fixes (matrice de corrélation, régression linéaire simple et multiple, analyse de variances à k facteurs, modèle de covariance, GLM (distribution binomiale, poisson), la transformation de variables, l’interaction entre variables, la sélection de modèles, l’analyse résidus, les méthodes d’analyses multivariées en développant le cas de l’analyse en composante principale (ACP).

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Ce module a pour vocation de présenter les enjeux, les acteurs et l’économie des filières du végétal et de présenter le contexte international, national et régional dans lequel ses actions se dérouleront.

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Cette UE propose des projets expérimentaux en relation avec les thématiques coeur du Master (physiologie végétale, phytopathologie, productions végétales...) à des groupes d’étudiants. Les étudiants seront amenés à construire un protocole, à le mettre en oeuvre, à saisir les résultats et analyser les données. Une présentation de ces projets en anglais sera réalisée par chaque groupe. Ces projets pourront être commandités par des laboratoires de recherche, plateaux techniques, plateformes et autres partenaires de la SFR Quasav ainsi que par des partenaires privés et seront réalisés au sein de ces structures encadrés par un enseignant de la formation.

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― Enquête métiers par groupe ; entretien avec des professionnels ; questionnaire ; poster et présentation orale
― Conférences de Professionnels (responsables d’entreprises ou de laboratoires, chercheurs…) ; témoignages de diplômés
― Ateliers de mise en situation : simulation d’entretiens, jeux de rôle, relecture de lettres de candidature ; e-réputation ;
― Ateliers à la carte (SUIO-IP) ;
― Formation à Zotero

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― Permettre aux étudiants de continuer à travailler les cinq compétences en langue (Compréhension écrite et orale, expression écrite et orale, et interaction orale) à travers des supports authentiques (articles, documentaires, documents audio et vidéo d’internet, graphiques…) et des activités variées (exercices de compréhension, d’expression écrite, jeux de rôle, débats, présentations orales…).
― Étoffer les connaissances lexicales notamment dans le domaine de spécialité
― Améliorer la prononciation (bases de phonologie)
― Revoir et comprendre des points de langue (les temps par exemple)

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― Contrôle des interactions sources-puits de la plante cultivée: Transport phloémien et sa régulation, déterminisme moléculaire des activités sources et puits
― Bases physiologiques et moléculaires du développement du fruit
― Paramètres et mesure de la qualité du fruit

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― Bases physiologiques et moléculaires qui régulent le développement, la conservation et la germination des graines
― Concepts de qualité physiologique et nutritionnelle et enjeux de la maîtrise de ces qualités pour la filière semences et une agriculture durable

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Cette UE présente l’application des concepts de génétique aux végétaux, en particulier les méthodes d’analyse de la diversité génétique et l’étude du déterminisme des caractères quantitatifs. Les facteurs naturels et humains qui agissent ou ont agi historiquement sur la diversité des plantes cultivées, et les moyens mis en œuvre pour la conserver, seront aussi étudiés.
Ces connaissances nouvelles présentées en cours seront mises en oeuvre au cours des séances de TP. Les étudiants produiront et analyseront des données moléculaires permettant de réaliser des études de diversité et de mettre en place une stratégie de cartographie QTL. L’ensemble sera complété par des études de cas.

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― Présentation de l’éventail des stratégies mises en place par les agents pathogènes (virus, bactéries, mycètes, nématodes ...) pour développer leur cycle infectieux en fonction de leur type trophique
― Présentation des mécanismes d’émergence ou de (ré)émergence des maladies biotiques des plantes, notion de forces évolutives et de réservoirs d’émergence
― Présentation des outils utilisables en épidémiosurveillance

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Un petit rappel des tests d’hypothèse paramétriques et non paramétriques donnant lieu à un schéma de synthèse sur « quelle méthode statistique pour quelle question et quel jeu de données ? » Ensuite, le contenu est divisé en deux volets. Premier volet, plans d’expériences : introduction aux contraintes et aux principes de l’expérimentation agronomique, plans d’expériences fréquents en agronomie. Deuxième volet, analyse de données multivariée (Analyse Factorielle de Correspondance et Analyse factorielle de correspondance multiple) et méthode de classification (CAH et k-means)

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― Séquence d’exercices de programmation en R permettant d’introduire progressivement les notions nécessaires sur un jeu de données d’exemple réel qui servira de fil rouge aux séances: de la conception à l’interprétation des données. Importation de fichier, manipulation de dataframe, visualisation des données, application des méthodes statistiques de bases, structuration d’un code R, utilisation des fonctions spécifiques (apply, merge, …)
― Introduction à la modélisation : Définitions, limites, échelles, formalismes, classification.

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― Entretien individuel
― Présentation des parcours de Master 2, de l’alternance, du doctorat, des bourses CIFRE
― Participation au SIVAL
― Présentation du statut d’étudiant entrepreneur
― Initiation au management d’équipe (MOOC)

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― Permettre aux étudiants de continuer à travailler les cinq compétences en langue (Compréhension écrite et orale, expression écrite et orale, et interaction orale) à travers des supports authentiques (articles, documentaires, documents audio et vidéo d’internet, graphiques…) et des activités variées (exercices de compréhension, d’expression écrite, jeux de rôle, débats, présentations orales…).
― Étoffer les connaissances lexicales notamment dans le domaine de spécialité
― Améliorer la prononciation (bases de phonologie)
― Revoir et comprendre des points de langue (les temps par exemple)

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Stage tuteuré d’une durée minimale de 4 semaines en entreprise ou structure publique dont le domaine d’activité est en relation avec le projet professionnel défini et les objectifs de la formation

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Connaissances générales des sols, évaluations de leur potentialités agronomiques
― Bases fondamentales, qualités physiques, chimiques et biologiques
― Etude de cas (analyses de sols, bilan humique, bilan hydrique…)
― Description et évaluations des potentialités des sols sur le terrain
Construction de l’itinéraire technique d’une grande culture
― Origine et besoins agro-climatiques
― Cycle de développement
― Schéma et critères de sélection des semences
― Préparation du sol
― Semis et choix des semences
― Fertilisation
― Gestion des bioagresseurs
― Irrigation
― Récolte et valorisation
― Économie et marges pour le producteur

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I. Les trois grands groupes des métabolites secondaires
― Terpenoïdes, phénols et alcaloïdes : classification biosynthétique et nombreux exemples choisis
Applications médicinales : antiparasitaires, anticancéreux...
― Applications phytosanitaires : antifongiques, insecticides...
― Applications industrielles : antioxydants, colorants alimentaires et tensio-actifs...
― Travaux dirigés : Engineering métabolique
II. Métabolites secondaires et interactions plante – environnement
― Composés volatiles : Plantes à parfum, interactions plantes-insectes
― Rhizosphère : plantes-microorganismes et plantes-plantes
― Phytohormones : voies de biosynthèse et analyses structure-fonction
(Exemples : strigolactones et ABA)
― Travaux dirigés :

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Module d’approfondissement constitué à 100% de travaux pratiques. Les objectifs sont :
― Échantillonner des tissus végétaux symptomatiques.
― Isoler et mettre en conservation les microorganismes à partir des symptômes.
― Identifier les microorganismes isolés par positionnement phylogénétique.
―Inoculer des gammes d’hôtes végétales pour vérifier le postulat de Koch.

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― Histoire du végétal.
― Les enjeux des filières du végétal.
― Acteurs et filières du végétal spécialisés Outils d’analyse économique des filières du végétal Analyse de la consommation du végétal spécialisé.
― Coopérations et Clusters.
― Notions de stratégie (5h) A. Maignan
― Structure et stratégies des entreprises + Jeu stratégie d’entreprise.

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Le module est organisé sous forme :
― De conférences.
― D’un travail personnel encadré par les enseignants afin d’accompagner la construction du projet personnel.
― De présentation et de réflexion autour des projets personnels. Des conférences seront faites par «d’anciens étudiants» qui détailleront et feront partager leur expérience de développement de carrière et d’intégration dans le monde professionnel. Par ailleurs, l’étudiant aura pour objectif de communiquer son projet personnel (présenter son itinéraire, ses choix, formaliser son projet, évoquer ses acquis et qualités, faire part de ses attentes).
L’évaluation se fait sur un projet de quelques pages suivi d’une présentation orale. L’encadrement se fait par des enseignants et les collègues du service d’Insertion Professionnelle.

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― Intro : Attente des projets, organisation, planning (1h).
― Présentation des concepts et outils de la démarche de conduite de projet et exercices d’application 7h TD.
― Projet en lien avec le parcours choisi et le projet professionnel de l’étudiant
     - recherche de financement d’un projet ANR ou thèse CIFRE ou
     - projet tuteuré sur une problématique proposée par un commanditaire professionnel.

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I. Intro 3h
― Les Qualités selon le marché, consommateurs, les différentes gammes.
― Les composantes de la qualité des productions végétales (visuelle, sanitaire, organoleptique, nutritionnelle...et impact sur la santé humaine).
― Importance de la qualité post-récolte.

II. Caractérisation de la qualité
― Caractérisation par analyses physiologiques et mesures physiques :
     - Qualité du raisin : méthodologie d’évaluation et hétérogénéité de la matière première.
     - Etude de cas : Projet AIFruits.
― Caractérisation de la qualité par phénotypage: la caractérisation visuelle des pro-duits d’ornement.
― Caractérisation de la qualité par analyse sensorielle :
     - Cas des plantes ornementales.
     - Cas des fruits / légumes.
     - Qualité sensorielle du raisin et du vin (Quel type de raisin pour quel type de vin ?)

III. Valorisation
― Qualité et Innovation produits.
― Phytolia.
― Commercialisation et marketing.
― Certifications, labellisations. 

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1. Déterminisme génétique de la qualité des produits horticoles :
― Génétique des voies métaboliques impliquées dans la qualité.
― Mécanismes génétiques de la floraison.
― Génétique de la qualité sanitaire et durabilité des résistances.
― Détection de QTLs par génétique d’association et des approches de pedigrees

2. Approches et outils pour améliorer la qualité
― Déséquilibre de liaison et Genome-wide association studies (GWAS).
― Sélection génomique.
― Transgénèse : méthodes innovantes.

Études de cas - conférences
Contrôle de l’aspect esthétique des plantes ornementales :
     - Historique de la remontée de floraison chez le rosier (du forçage à la maîtrise génétique).
     - Mécanismes moléculaires du contrôle de l’architecture et de la floraison.
― Rôle des modifications épigénétiques dans le contrôle du développement des plantes.
― Fruit Breedomics ; de la génomique à la création variétale : Intégration des connaissances génomiques pour améliorer les géniteurs (pré-breeding) et faire de la sélection assistée par marqueurs.
Résistance à la tavelure dans un contexte de durabilité des résistances :
     - Identification de QTLs de résistance à la tavelure chez le pommier.
     - Impact de l’introduction de gènes de résistance sur la pression de sélection du pathogène.

― Rôle des métabolites secondaires :
- Teneur en caroténoïdes pour la couleur de la carotte : caractérisation des ressources génétiques.
- Bases génétiques du parfum. TP GWAS (4h) TD Études de cas présentés par les étudiants. 

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― Impact de l’environnement sur les relations source puits, C/N, et la maturation des organes récoltés.
― Impact de l’environnement sur l’Architecture des plantes horticoles.
― Impact de l’environnement sur la floraison.
― Les variables majeures du milieu sol (ou substrat de culture) : structure, état hydrique et chimique, activité biologique).
― Interactions GxE et qualité des produits horticoles.
― Apports de la Modélisation dans la compréhension des interactions entre facteurs.
― Comprendre et modéliser le rôle des pratiques culturales dans la gestion des bioagresseurs en grandes cultures. Cas de la modélisation architecturée du pathosystème blé-septoriose.
― + Études de cas présentés par les étudiants (Travail personnel).
― + Visites d’essais expérimentaux. 

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― Assister aux conférences de l’IRHS/SFR/journées des doctorants.
― Organiser et assister (à) une série de conférences en distanciel si besoin, entre janvier et avril.
― Participation à des actions Culture Scientifique et Technique (Promouvoir la CST) ex Terres des sciences, Petits débrouillard, Fête de la science...
― Travail bibliographique sur le sujet de stage M2

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― Visite d’expérimentation (intérêts et problèmes, questions posées).
― Cours démarche d’expérimentation (notions d’expérience, d’essai, planification, définitions et principes) et présentation du projet.
― Principaux plans et leur méthode d’analyse (blocs Fisher, carré latin, factoriel, split-plot).― Utilisation du logiciel R pour l’analyse des dispositifs.
― Analyse de données et choix de méthode d’analyse (méthodes classiques d’analyse factorielle et de classification avec utilisation avec R).
― Analyse de variance et tests non paramétriques.
― Analyse multivariable.
― Combinaison d’analyses en expérimentation.
― Utilisation de la méthode ELECTRE pour mettre en œuvre les stratégies d’aide à la décision.
Une large partie du module consistera à un travail de groupe mené en autonomie sur un jeu de données statistiques, de l’objectif à l’interprétation des données. 

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―Manipulation des facteurs de l’environnement : Effets de lumière, température, restriction hydrique, azote, stimulation mécanique sur la qualité visuelle des plantes d’ornements.
― Apport des biostimulants sur la qualité générale des produits.
― Évaluation combinée de la qualité environnementale des itinéraires techniques viticoles et de la qualité des raisins.
― Gestion de la qualité des fruits par la conduite des arbres.
― Apport des associations végétales
― Impact d’environnements contraignants : Toitures et murs végétaux, Fermes ur-baines: Adivet, sols urbains.

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― Intégration des consommateurs au sein des processus d’innovation et d’amélioration de la qualité des productions végétale.
― Lien entre perception sensorielle, alimentation et santé : le cas de fruits et légumes.
― Lien qualité – santé nutriments et maladies métaboliques.

Étude de cas :
i) Antioxydant chez les Brassicasées Végenov ? 3h
ii) Développement d’une nouvelle filière : le quinoa d’Anjou.
― Qualité et sécurité des consommateurs :
     - Évaluation des risques ; calculs des LMR (MCF UA 4h).
     - TP analyses de résidus sur matrice solide et liquide (ex pommes et vin).
     - Les circuits de distribution et leur importance sur la qualité des produits.

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― Histoire du végétal.
― Les enjeux des filières du végétal.
― Acteurs et filières du végétal spécialisés Outils d’analyse économique des filières du végétal Analyse de la consommation du végétal spécialisé.
― Coopérations et Clusters.
― Notions de stratégie (5h) A. Maignan
― Structure et stratégies des entreprises + Jeu stratégie d’entreprise.

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Le module est organisé sous forme :
― De conférences.
― D’un travail personnel encadré par les enseignants afin d’accompagner la construction du projet personnel.
― De présentation et de réflexion autour des projets personnels. Des conférences seront faites par «d’anciens étudiants» qui détailleront et feront partager leur expérience de développement de carrière et d’intégration dans le monde professionnel. Par ailleurs, l’étudiant aura pour objectif de communiquer son projet personnel (présenter son itinéraire, ses choix, formaliser son projet, évoquer ses acquis et qualités, faire part de ses attentes).
L’évaluation se fait sur un projet de quelques pages suivi d’une présentation orale. L’encadrement se fait par des enseignants et les collègues du service d’Insertion Professionnelle.

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― Intro : Attente des projets, organisation, planning (1h).
― Présentation des concepts et outils de la démarche de conduite de projet et exercices d’application 7h TD.
― Projet en lien avec le parcours choisi et le projet professionnel de l’étudiant
     - recherche de financement d’un projet ANR ou thèse CIFRE ou
     - projet tuteuré sur une problématique proposée par un commanditaire professionnel.

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Grands types trophiques : effecteurs de nécrotrophie Vs effecteurs de biotrophie (CM – 4h).

Études de cas (TD – conférences ou projets tutorés = 15h).
― Deux stratégies pour envahir son hôte : Xanthomonas Vs Xylella.
― Les bactéries macérogènes.
― Effecteurs et spécificité d’hôte.
― Métabolites secondaires et effecteurs de nécrotrophie.
― Stratégies parasitaires, virales, les plantes parasites, Nématodes .... 

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― Biodiversité : notion d’espèces chez les bactéries et champignons associés au plantes / intérêt pour le diagnostic et l’épidémiologie (13h CM).
― Études de cas (TD – conférences ou projets tutorés = 4h).
― Microbiome associé aux plantes.
― Écologie microbienne de la rhizosphère.
― Épidémiologie : Concepts d’épidémiologie (8h CM).
― Étude de cas (TD – conférences ou projets tutorés = 10h).
― Transmission des agents pathogènes à et par les semences.
― Émergences des maladies bactériennes et fongiques, mécanismes et gestion.
― Architecture du couvert végétal et gestion des épidémies.
― Fonctionnement des populations d’insectes ravageurs et auxiliaires à l’échelle du paysage agricole. 

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― Lutte chimique :
     - Mode d’action des pesticides et gestion des résistances.
     - Intro. Classification (insecticides, herbicides, fongicides) famille chimiques, propriétés chimiques et biologiques), mode d’action.      - Herbicides
     - JP Guillemin INRA Dijon.
     - Fongicides.

― Lutte génétique : génétique de la résistance et contournement par les agents pathogènes.
― Étude de cas :
     - « Qu’y a-t-il sous les QTL de résistance ».
― Durabilité des résistances.
― Déploiement spatial des résistances.
― Stimulation et potentialisation des défenses naturelles des plantes :
     - Aspects fondamentaux de la stimulation.
     - Analyse de données qPCR en lien avec la stimulation des défenses.
― Lutte par prophylaxie et pratiques culturales « Traits d’espèces et gestion des adventices dans le couvert végétal ».
― Bio contrôle. 

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― Les étudiants utiliseront les installations expérimentales de l’IRHS pour la réalisation de ces projets. Pour les analyses qui le demandent ils auront accès par groupe aux laboratoires ou plateaux techniques de la SFR Quasav, encadrés par un enseignant de la formation. 

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― Assister aux conférences de l’IRHS/SFR/journées des doctorants.
― Organiser et assister (à) une série de conférences en distanciel si besoin, entre janvier et avril.
― Participation à des actions Culture Scientifique et Technique (Promouvoir la CST) ex Terres des sciences, Petits débrouillard, Fête de la science...
― Travail bibliographique sur le sujet de stage M2

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― Lutte bio contre les maladies aériennes.
― Lutte biologique contre les insectes : écologie des interactions prédateurs/proies et hôtes/ parasitoïdes.
― Lutte biologique contre les insectes : les stratégies d’utilisation des entomophages.
― Systèmes sensoriels et médiateurs chimiques.
― La confusion sexuelle ; Médiateurs chimiques et protection des plantes.
― PBI principe et mise en œuvre.
― Lutte biologique contre les adventices.

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Rappels sur la neurophysiologie de l’insecte.
― Lutte chimique : mode d’action des pyréthrinoïdes/pyrazolines, des organophosphorés/carbamates, des néonicotinoïdes et des phénylpyrazoles.
― Phénomènes de résistance aux insecticides.
― Nouvelles stratégies de lutte contre les ravageurs des cultures.
― Recherche de nouvelles molécules, naturelles ou synthétiques, présentant des potentialités pesticides.

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― Histoire du végétal.
― Les enjeux des filières du végétal.
― Acteurs et filières du végétal spécialisés Outils d’analyse économique des filières du végétal Analyse de la consommation du végétal spécialisé.
― Coopérations et Clusters.
― Notions de stratégie (5h) A. Maignan
― Structure et stratégies des entreprises + Jeu stratégie d’entreprise.

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Le module est organisé sous forme :
― De conférences.
― D’un travail personnel encadré par les enseignants afin d’accompagner la construction du projet personnel.
― De présentation et de réflexion autour des projets personnels. Des conférences seront faites par «d’anciens étudiants» qui détailleront et feront partager leur expérience de développement de carrière et d’intégration dans le monde professionnel. Par ailleurs, l’étudiant aura pour objectif de communiquer son projet personnel (présenter son itinéraire, ses choix, formaliser son projet, évoquer ses acquis et qualités, faire part de ses attentes).
L’évaluation se fait sur un projet de quelques pages suivi d’une présentation orale. L’encadrement se fait par des enseignants et les collègues du service d’Insertion Professionnelle.

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― Intro : Attente des projets, organisation, planning (1h).
― Présentation des concepts et outils de la démarche de conduite de projet et exercices d’application 7h TD.
― Projet en lien avec le parcours choisi et le projet professionnel de l’étudiant
     - recherche de financement d’un projet ANR ou thèse CIFRE ou
     - projet tuteuré sur une problématique proposée par un commanditaire professionnel.

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― Biology, quality and conservation of pollen.
― Seed morphology, development and maturation.
― Seed envelopes: role, composition and biotechnological applications.
― Physiology of crop seed germination and dormancy.
― Physiology of seedling emergence.
― Weed seed ecology: seed banks, dissemination and history of life traits.
― Biology of transplants and clonal material (bulbs, corms, tubers, rhizomes).
― Physiology of grafting and rhizogenesis.
― In vitro culture: callogenesis, organogenesis, somatic embryogenesis, plant conformity.
― Emerging strategies: update on genome editing, diagnostic tools.
― GMOs: Regulations, certification, environmental security, international policies.
― Journal Club: how to write, read and critical evaluate a scientific article.

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― Assister aux conférences de l’IRHS/SFR/journées des doctorants.
― Organiser et assister (à) une série de conférences en distanciel si besoin, entre janvier et avril.
― Participation à des actions Culture Scientifique et Technique (Promouvoir la CST) ex Terres des sciences, Petits débrouillard, Fête de la science...
― Travail bibliographique sur le sujet de stage M2

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Reasoning for the production of seeds and clonal plants:
― Overview on conservative selection.
― Regulations and quality approach: regulatory framework for the production, testing and distribution of seeds, transplants and clonal material, quality approach and certification of propagation material for organic farming.
― Management of plant propagation modes/ways: influence of modes and barriers of reproduction, influence of varietal types and modes of propagation.

Optimization of seeds and clonal material quality:
― Dry seed production: current issues in production, visits to seed producers, weed management and low-input crops (seed banks in the soil, use of agro-ecological approaches in seed-bearing plant cultivation, multiplication contracts).
― Production of propagation material: transplants from seeds, ornamental and fruit nurseries, micro mother plants, bulbs and tubers, in vitro plants.
― Post-harvest seed operations and technologies (seed sorting, seed treatments, bio-logy of priming biology...).

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― Challenges of seed biocontrol and biostimulation towards a sustainable agriculture policy.
― The microenvironment of germinating seeds.
― Regulation of seed defenses during development and germination.
― The mother plant and immunopriming to improve seed resistance.
― Research strategy to identify biocontrol solution.
― The concept of seed holobionte.
― Seed conditioning and bioavailability of active components.
― Screening methods and phenotyping tools to discover new elicitors of seed quality (practicals).
― Legal and regulatory framework of seed treatments using biocontrol and biostimulation solutions.

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— Commercialisation et marketing des produits des entreprises semencières.
— Économie industrielle appliquée et droit de la concurrence.
— Enjeux de la R&D et - enjeux de la PI.

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― Histoire du végétal.
― Les enjeux des filières du végétal.
― Acteurs et filières du végétal spécialisés Outils d’analyse économique des filières du végétal Analyse de la consommation du végétal spécialisé.
― Coopérations et Clusters.
― Notions de stratégie (5h) A. Maignan
― Structure et stratégies des entreprises + Jeu stratégie d’entreprise.

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Le module est organisé sous forme :
― De conférences.
― D’un travail personnel encadré par les enseignants afin d’accompagner la construction du projet personnel.
― De présentation et de réflexion autour des projets personnels. Des conférences seront faites par «d’anciens étudiants» qui détailleront et feront partager leur expérience de développement de carrière et d’intégration dans le monde professionnel. Par ailleurs, l’étudiant aura pour objectif de communiquer son projet personnel (présenter son itinéraire, ses choix, formaliser son projet, évoquer ses acquis et qualités, faire part de ses attentes).
L’évaluation se fait sur un projet de quelques pages suivi d’une présentation orale. L’encadrement se fait par des enseignants et les collègues du service d’Insertion Professionnelle.

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― Intro : Attente des projets, organisation, planning (1h).
― Présentation des concepts et outils de la démarche de conduite de projet et exercices d’application 7h TD.
― Projet en lien avec le parcours choisi et le projet professionnel de l’étudiant
     - recherche de financement d’un projet ANR ou thèse CIFRE ou
     - projet tuteuré sur une problématique proposée par un commanditaire professionnel.

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Le contenu de l’enseignement est organisé de manière à ce que :
― Tous les étudiants aient une connaissance minimale sur les productions et produits horticoles ainsi que sur les modes de commercialisation et de valorisation des pro-duits.
― Que chaque étudiant, selon son choix en lien avec son projet professionnel, puisse approfondir ses connaissances/compétences soit sur le volet « productions » soit sur le volet « produits et commercialisation » et qu’il puisse mettre en œuvre les connaissances acquises dans le cadre de TD portant sur une étude de cas concrète (idem EC FHI1).

Le contenu de l’enseignement (générique et/ou d’approfondissement) est organisé en 3 grandes parties dont le contenu n’est ici qu’à titre indicatif :
Innovations pour la gestion des productions horticoles.
― Gestion des déchets.
― Choix de matériel végétal, idéotype, démarche participative.
― Gestion et conservation des sols et substrats.
― Gestion et conséquences des intrants dans l’environnement.
― Stratégie de protection des plantes (réduction intrants).
― Automatisation & robotique.Innovations et gestion de la qualité des produits horticoles.

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Critères et modélisation :
― Notion d’indicateur, diversité des indicateurs, démarches multicritères.
― Les différents types de modélisation.
― Utilisation de quelques modèles utiles en horticulture.
― Base de données
― Principe de la gestion de données et son intérêt en Horticulture.
― Conception d’une base de données.

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― Assister aux conférences de l’IRHS/SFR/journées des doctorants.
― Organiser et assister (à) une série de conférences en distanciel si besoin, entre janvier et avril.
― Participation à des actions Culture Scientifique et Technique (Promouvoir la CST) ex Terres des sciences, Petits débrouillard, Fête de la science...
― Travail bibliographique sur le sujet de stage M2

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Notion et outils de veille techniques et technologique (avec participation à la « Plant’s week » dont la rédaction du quotidien du SIVAL).
― Panorama des différents outils et méthodes d’analyse multicritère (dont analyse économique).
― Mise en œuvre d’une analyse multicritère sur un cas concret (même étude de cas).

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― Notions d’outils d’aide à la décision appliqués aux systèmes horticoles.
― Outils innovants pour le pilotage des systèmes (horticulture de précision et connectée).
― Optimisation et modes d’organisation de la chaîne amont-aval pour la valorisation des innovations.

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