M2 l Parcours Biology and technology of seeds and plant propagation

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— Classification des modèles appliqués à la biologie des plantes (typologie-théorie) : Functional-Structural Plant Models, Process-Based Models, agent-based models (etc.)
— Théorie des L-systèmes (programmation des plantes virtuelles)
— TP : travail avec les plantes virtuelles (modèles 3D écophysiologiques/modèles d'interactions plantes-ravageurs)

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Le module propose de solutionner un problème ouvert d’analyse de données. Le travail prend la forme d’un challenge. Les données associées sont présentées lors d’une première séance de CM de 2 heures qui permet d’analyser le problème posé. Les outils nécessaires sont rappelés ou introduits lors de 6 séances de TD de 2 heures. Le travail est réalisé en groupe de TP à raison de 2 fois 4H de TP par semaine sur 4 semaines.

Les données considérées seront des données de phénotypage (images, séries temporelles, données climatiques, …) pour des taches d’apprentissage supervisé ou non supervisé de type classification ou régression.

L’évaluation du travail se fera sous la forme d’un dossier correspondant aux comptes rendu de TP de chaque séance et d’un réponse au problème posé. Le tout sera complété par une soutenance orale par groupe.

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• Introduction to the organization and functioning of the sector
•  Identification of issues (brainstorming) and preparation of company visits;
• Proposal of solutions to meet the challenges
• Company visits or Field trip (3-4 days)

Each issue will be analyzed on the basis of company visits carried out during the study tour.

Each group of students will have to propose solutions to answer to these issues and will present them in the form of a poster or other way of communication.

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• Biology, quality and conservation of pollen
• Seed development and acquisition of seed quality
• Seed structure and morphology
• Physiology of crop seed germination and dormancy
• Physiology of seedling emergence
• Weed seed ecology: seed banks, dissemination and history of life traits
• Biology of transplants and clonal material (bulbs, corms, tubers, rhizomes)
• Physiology of grafting and rhizogenesis
• In vitro culture: callogenesis, organogenesis, somatic embryogenesis, plant conformity
• Emerging strategies: update on genome editing, diagnostic tools,
• GMOs: Regulations, certification, environmental security, international policies
• Journal Club: how to write, read and critically evaluate a scientific article

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• Challenges related to seed conservation
• Physiology of seed storage
• Predicting seed viability during storage
• Methods for improving seed germination and vigor after conservation
• Management of a seed conservation chamber
• Seed lot management
• Conservation of cuttings
• Optimization of collections management
• Challenges of maintaining biological resources of cultivated species
• Optimization of ex-situ conservation applied to biological resources
• Assessment of genetic diversity for the management of collections including the specificities of the wild compartment
• Utilization and promotion of collections and biological resources

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Les étudiants devront mener individuellement ou en groupe un projet bibliographique en lien avec le parcours choisi et le projet professionnel de l’étudiant :
— soit le projet a une orientation recherche et correspond à proposer une réponse à un appel à projets de type ANR ou thèse CIFRE
—  soit le projet vise à répondre à une problématique proposée par un commanditaire professionnel.

En préambule, les étudiants seront accompagnés par des interventions concernant les concepts et outils de la démarche de conduite de projet.

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— Entretien individuel, bilan de compétences
— Participation au SIVAL
— Initiation au management d’équipe (MOOC)

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Reasoning approaches to improve seed quality and resistance:
— Concepts of seed biostimulation and biocontrol as a strategic lever for sustain agriculture
— Regulation and perspective to sustain innovative approaches
— Technological challenge for new product discovery and new genotype selection
— Current research initiatives to develop biocontrol solutions
— Development and perspective in seed industry and for Agro suppliers.
— Practical course to acquire experimental approaches using molecular genetics and pharmacological screening of active compounds.

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— Commercialization and marketing of seed company products
— Applied industrial economics and competition law
— Research and development R&D and intellectual property issues

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Le stage de fin d’études achève la formation de second cycle. Il permet aux étudiants non seulement, de mobiliser et de valoriser leurs compétences, les connaissances et les méthodes de travail acquises durant leur formation, mais aussi, d’acquérir des connaissances et une expérience professionnelle dans un domaine vers lequel ils souhaitent s’orienter.

Le stage de fin d’études a pour objectif d’analyser un questionnement scientifique, clairement formulé par l’encadrant de stage, dans le cadre d’un projet ou d’une étude réalisé(e) au sein d’une structure professionnelle. Il s’agit d’un stage de niveau bac + 5, thématique et méthodologique qui doit permettre à l’étudiant de mettre en œuvre ses acquis. Ainsi, il est demandé d’intégrer une problématique et d’y participer activement à plusieurs échelles : analyse bibliographique, réflexion sur le questionnement scientifique, proposition, mise au point d’une méthodologie, réalisa- tion suivant les cas d’expérimentations, d’enquête..., réflexion, analyse et interpréta- tions des résultats, réflexions critiques, proposition de perspectives.

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― Communiquer la science de manière efficace et rigoureuse.
― Technique de la rédaction scientifique.
― Outils de communication verbale.

Les étudiants assisteront aux séminaires de recherche locaux ainsi qu’à la journée des doctorants.

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Le stage de fin d’études achève la formation de second cycle. Il permet aux étudiants non seulement, de mobiliser et de valoriser leurs compétences, les connaissances et les méthodes de travail acquises durant leur formation, mais aussi, d’acquérir des connaissances et une expérience professionnelle dans un domaine vers lequel ils souhaitent s’orienter.

Le stage de fin d’études a pour objectif d’analyser un questionnement scientifique, clairement formulé par l’encadrant de stage, dans le cadre d’un projet ou d’une étude réalisé(e) au sein d’une structure professionnelle. Il s’agit d’un stage de niveau bac + 5, thématique et méthodologique qui doit permettre à l’étudiant de mettre en œuvre ses acquis. Ainsi, il est demandé d’intégrer une problématique et d’y participer activement à plusieurs échelles : analyse bibliographique, réflexion sur le questionnement scientifique, proposition, mise au point d’une méthodologie, réalisa- tion suivant les cas d’expérimentations, d’enquête..., réflexion, analyse et interpréta- tions des résultats, réflexions critiques, proposition de perspectives.

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