Licence | Sciences de la vie et de la terre

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Objectifs du cours d’anglais :
― Permettre aux étudiants de continuer à travailler les cinq compétences en langue (Compréhension écrite et orale, expression écrite et orale, et interaction orale) à travers des supports authentiques (articles, documentaires, documents audio et vidéo d’internet, graphiques…) et des activités variées (exercices de compréhension, d’expression écrite, jeux de rôle, débats, présentations orales…).
― Etoffer les connaissances lexicales.
― Améliorer la prononciation (bases de phonologie).
― Revoir et comprendre des points de langue (les temps par exemple).

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Objectifs du cours d’anglais :
― Permettre aux étudiants de continuer à travailler les cinq compétences en langue (Compréhension écrite et orale, expression écrite et orale, et interaction orale) à travers des supports authentiques (articles, documentaires, documents audio et vidéo d’internet, graphiques…) et des activités variées (exercices de compréhension, d’expression écrite, jeux de rôle, débats, présentations orales…).
― Etoffer les connaissances lexicales.
― Améliorer la prononciation (bases de phonologie).
― Revoir et comprendre des points de langue (les temps par exemple).

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L’enseignement de l’expression écrite s’articule autour de deux perspectives : compréhension et reformulation.
Les compétences visées sont :
― Lire, comprendre et commenter des textes journalistiques ou des articles de vulgarisation scientifique en relation avec l’histoire des sciences.
― Développer les techniques de reformulation et de synthèse d’informations (réalisation de résumés, de synthèses de documents, de fiches de lecture…).
― Maîtriser l’orthographe.

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Le 3PE doit permettre à l’étudiant de L1 de faire le bilan, en début de second semestre, sur sa situation à la faculté des sciences, de se projeter dans sa poursuite d’études et, professionnellement, dans l’avenir.
L’étudiant peut réaliser un stage d’observation, à l’issue de ses cours universitaires, pour parfaire ses choix professionnels.
Travail en lien avec le SUIO IP et l’enseignant référent de l’étudiant.

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― Mesures et incertitudes, dimensions et unités.
― Lois d’évolution d’une population (évolutions discrète et continue, croissance et décroissance exponentielles, applications aux systèmes biologiques et à la radioactivité).

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― Les différents états de la matière ;
― Chaleur et température ;
― Pression hydrostatique et poussée d’Archimède ;
― Les lois de l’hydrodynamique.

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― Les différents modèles descriptif de la lumière ;
― Lois de Descartes ;
― Les systèmes optiques de base ;
― Les lentilles minces et applications.

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Révision et complément sur le calcul algébrique (fractions, racines, puissances) et les fonctions usuelles, en particulier : fonctions sinus, cosinus, tangente, logarithme, exponentielle.

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― Calcul des primitives : primitives des fonctions usuelles, changement de variables, primitivation par parties.
― Calcul intégral : intégrale d’une fonction continue sur un segment, propriétés de l’intégrale (linéarité, positivité, relation de Chasles). Lien avec le calcul des primitives et le calcul d’aires.

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― Atomistique : rappels (structure de l’atome, notion d’isotopie, masses atomiques, notion de mole), modèle de Bohr, l’organisation électronique des atomes (nombres quantiques, principe d’exclusion de Pauli, configuration électronique, règle de Hund, électrons de valence), classification périodique des éléments (principe de construction, les grandes familles d’éléments et leurs propriétés chimiques, évolution des différentes propriétés périodiques : rayon atomique, énergie d’ionisation, affinité électronique, électronégativité).
― Liaisons chimiques et entités moléculaires : liaison covalente et modèle de Lewis (règle de l’octet, extension de la règle de l’octet), structure géométrique de molécules ou d’ions polyatomiques. méthode VSEPR, nombre d’oxydation d’un élément dans une entité moléculaire, moment dipolaire d’une liaison chimique, moment dipolaire des molécules polyatomiques, interprétation orbitalaire de la liaison chimique (modèle ondulatoire, représentation des orbitales atomiques, notion d’orbitales moléculaires, liaison σ et π), interactions faibles.

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L’objectif est de dresser un bilan de matière en solution.                                    
Notions traitées :                                                                                                                  
—  Quantification de la matière par l’utilisation de grandeurs molaires à l’état solide, à l’état liquide et à l’état gazeux.                                                                           
—  Mise en solution de composés ioniques et moléculaires.
—  Préparation de solutions.                                                                                                                      
—  Mélange de solutions : effet de la dilution.                                                                    
—   Évolution spontanée d’un système chimique                                                             
—  Composition d’un système chimique à l’état final d’une réaction quantitative et à l’état d’équilibre d’une transformation partielle.

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Nomenclature et grandes familles de fonctions en chimie organique dans le monde du vivant ; écriture des molécules selon les modèles de Cram et de Newman ; Représentation orbitalaire des principales fonctions et principes d’hybridation ; Isomérie plane ; Les effets inductifs.

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La sauvegarde de la biodiversité est un enjeu majeur de notre époque. La biodiversité c’est notre sujet ici. Le déclin de la biodiversité a atteint un tel niveau qu’il déstabilise les écosystèmes actuels. Pour bien protéger, il est évident qu’il faut bien connaitre. Nous commencerons par aborder les mécanismes qui ont créé toute la biodiversité. La théorie centrale décrivant ces mécanismes est la théorie de l’évolution. Ainsi, nous aborderons le rôle des mutations et le processus de spéciation issue du hasard et de la sélection naturelle.

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Diversité végétale, évolution de la morphologie de l’appareil végétatif algues et des Bryophytes, relations structures/fonctions.

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― Introduction : particularités des végétaux – Existence de deux formes de reproduction.
― Multiplication végétative : simple (fracturation / propagules / bulbilles / bulbes,
cormes, rhizomes, tubercules / importance de la ramification) et par sporulation (sporocystes et spores).
― Reproduction sexuée : position relative de la méiose et de la gamétogenèse - diversité des cycles de reproduction (cycles digénétiques, monogénétiques et trigénétiques)
― Diversité des formes de fécondation (hologamies et mérogamies). Etude des gamétocystes et des méiosporocytes. Concepts illustrés par des exemples concrets.

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― Réactions acides-bases : Théorie de Brönsted, acides forts, bases fortes, acides faibles, bases faibles, couples acidobasiques, constantes d’acidité, pKa, nivellement par le solvant, diagrammes de prédominance des espèces, diagrammes de distribution, loi d’Otswald, solutions tampons, indicateurs colorés acidobasiques.
― Bilans de matières dans des mélanges d’acides et de bases, calculs de pH : cas acide fort, base forte, acide faible, base faible, mélange acide faible/base faible conjugués et non conjugués, amphotère, influence de la dilution.
― Titrages acidobasiques, allures des courbes de titrage, calculs de concentration.

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― Stéréoisomérie (conformation, configuration, chiralité, énantiomérie, diastéréoisomérie, activité optique…) et application aux amino-acides.
― Introduction aux mécanismes réactionnels avec la Substitution Nucléophile.

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L’objectif de ce module : donner les connaissances de base des biomolécules qui sous tendent la vie, connaissances indispensables à tous les biologistes. Cet enseignement répond aux exigences de la recherche fondamentale en Sciences de la Vie et de la Santé ainsi qu’aux besoins du secteur industriel dans le domaine de la Recherche et du Développement.
― Introduction : Organisation moléculaire structurée du vivant. Composition de la matière vivante. La liaison hydrogène et l’eau.
― Protéines : Acides aminés, peptides, protéines (protéines fibreuses et globulaires). Propriétés générales. 
― Lipides : Classification, structure, rôle - propriétés : solubilité, polymorphisme lipidique, concept de forme, fluidité membranaire.

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― Les cours magistraux de biologie moléculaire et cellulaire (18 séances) permettront d’aborder les notions de structures cellulaires et de fonctions propres des organites avec une attention particulière aux spécificités des cellules végétales et animales. Le contenu de ces interventions permettra, à partir de données expérimentales, d’identifier une organisation structurelle et fonctionnelle qui est propre aux cellules eucaryotes.
― Une séance de travaux dirigés sera proposée afin de travailler sur des données expérimentales et de concevoir des stratégies d’analyses moléculaires et cellulaires.

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Etude de la structure des cellules bactériennes sous leur forme végétative (capsule, paroi, membrane cytoplasmique, flagelles, pilis, cytoplasme et inclusions dont le matériel génétique) et sous leur forme sporulée.

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― La physiologie des bactéries : les sources de carbone, les sources d’énergie, les cycles biochimiques liés à la respiration et à la nutrition, la reproduction et la croissance.
― La croissance chez les micro-organismes et les transferts génétiques.
― Les techniques de base utilisées dans le laboratoire de microbiologie.
― Manipulation en condition stérile, réalisation d’ « état frais », de coloration de Gram...

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― Apprentissage des méthodes de base d’observations géologiques de terrain : observation et repérage d’un site ; observation, dessin et échantillonnage d’un affleurement ; observation et dessin d’un échantillon (roche, sédiment, fossile).
― Apprentissage des méthodes de base en laboratoire : analyse et dessin normalisé de carottes sédimentaires ; analyse des roches et sédiments.

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― Apprentissage des méthodes de base d’observations géologiques de terrain : observation et repérage d’un site ; observation, dessin et échantillonnage d’un affleurement ; observation et dessin d’un échantillon (roche, sédiment, fossile).
― Apprentissage des méthodes de base en laboratoire : analyse et dessin normalisé de carottes sédimentaires ; analyse des roches et sédiments.

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― Apprentissage des méthodes de base d’observations géologiques de terrain : observation et repérage d’un site ; observation, dessin et échantillonnage d’un affleurement ; observation et dessin d’un échantillon (roche, sédiment, fossile).
― Apprentissage des méthodes de base en laboratoire : analyse et dessin normalisé de carottes sédimentaires ; analyse des roches et sédiments.

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L’UE se décompose en cours et TP. Des bases sur la chromatographie seront dispensées ainsi que des notions sur la spectroscopie UV-visible. Ces différentes notions seront illustrées au cours de TP appliqués à l’analyse de biomolécules. Ainsi différentes techniques permettant d’identifier, de séparer et d’analyser ces molécules seront explorées : CCM, HPLC, électrophorèse, chromatographie ionique. Les dosages seront
effectués par HPLC en utilisant l’étalonnage externe. Des dosages se basant sur les propriétés d’absorption seront également réalisés.

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― Géodynamique interne (expansion des fonds océaniques ; différentes frontières lithosphériques).
― Initiation à la Géologie structurale et aux techniques de cartographie géologique.
― Notions fondamentales de cristallographie et de pétrographie macroscopique.

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― Géodynamique interne (expansion des fonds océaniques ; différentes frontières lithosphériques).
― Initiation à la Géologie structurale et aux techniques de cartographie géologique.
― Notions fondamentales de cristallographie et de pétrographie macroscopique.

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― Géodynamique interne (expansion des fonds océaniques ; différentes frontières lithosphériques).
― Initiation à la Géologie structurale et aux techniques de cartographie géologique.
― Notions fondamentales de cristallographie et de pétrographie macroscopique.

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― Principes de la géologie sédimentaire : paléogéographie, paléoclimat, cycles sédimentaires.
― Principes de la stratigraphie : les concepts des fossiles de faciès et fossiles stratigraphiques.
― Paléontologie et histoire de la Terre, apparition de la vie, radiations, extinctions..
― Taxonomie et écologie des groupes fossiles principaux.

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Travaux pratiques appliquant les connaissances acquises au sein de la Période 3 :
― Principes de la géologie sédimentaire : paléogéographie, paléoclimat, cycles sédimentaires
― Principes de la stratigraphie : les concepts des fossiles de faciès et fossiles stratigraphiques
― Paléontologie et histoire de la Terre, apparition de la vie, radiations, extinctions..
― Taxonomie et écologie des groupes fossiles principaux.

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Travaux pratiques appliquant les connaissances acquises au sein de la Période 3 :
― Principes de la géologie sédimentaire : paléogéographie, paléoclimat, cycles sédimentaires
― Principes de la stratigraphie : les concepts des fossiles de faciès et fossiles stratigraphiques
― Paléontologie et histoire de la Terre, apparition de la vie, radiations, extinctions..
― Taxonomie et écologie des groupes fossiles principaux.

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Le cours d’anglais a d’abord pour objectif de permettre aux étudiant.es de continuer  à travailler cinq des compétences traditionnelles en langue - compréhension écrite et orale, expression écrite et orale, et interaction orale - à travers des supports authentiques (articles, documentaires, documents audio et vidéo d’internet, graphiques…) et des activités variées (exercices de compréhension, d’expression écrite, jeux de rôle, débats, présentations orales…). Les étudiant.es sont également amené.es à étoffer leur vocabulaire, à améliorer leur prononciation, et à revoir certains points de langue le cas échéant.

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Le module vise à acquérir les bases de l’analyse de données par des approches statistiques. La première partie vise à apprendre à construire un plan expérimental et à utiliser les méthodes d’exploration graphiques. La seconde partie aborde les principes généraux des tests d’hypothèse et la procédure de sélection d’une approche statistique paramétrique ou non paramétrique. La troisième partie détaille les principaux tests paramétriques et leur pendant non paramétriques utilisés en biologie et géosciences. La dernière partie porte sur les bases du calcul matriciel et son application dans les analyses statistiques multivariées.

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L’objectif de ce module est de donner aux étudiants des notions de programmation en python afin qu’ils puissent lire un code écrit en python et biopython (avec l’aide d’un tutorial) et de le modifier pour l’adapter à leur propre besoin (changement de format de fichier de données, extractions d’informations d’un fichier tabulé). Les notions vues en cours seront mises en pratique en TD en salle informatique et par des exercices mis à disposition en distanciel.

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Structure des génomes. Génome des procaryotes (notion d’opéron), génome nucléaire des eucaryotes (différentes classes d’ADN), génomes cytoplasmiques (structure, transmission et expression ; théorie endosymbiotique). Génomique. Expansion des génomes (polyploïdie, duplication de gènes, éléments transposables). Epigénétique.

Etude approfondie de la réplication. Différents mécanismes de réparation de l’ADN. Méthodes d’analyse de l’ADN (PCR, PCR quantitative, clonage, banque et criblage, séquençage). Polymorphisme et marqueurs moléculaires. Les différents champs d’application.

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Cet enseignement permet d’appréhender à la fois l’universalité et la diversité du métabolisme énergétique d’une cellule eucaryote animale et végétale (glycolyse, néoglucogénèse, cycle de l’urée, cycle des pentoses phosphates, chaine respiratoire, phosphorylations oxydantes, interactions C/N, cycle de Krebs, autophagie, transporteurs navettes, espèces réactives de O/N), et de se familiariser avec les grands modes de régulations métaboliques en réponse aux changements de l’environnement (flexibilité du métabolisme et adaptations).

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Etude approfondie de la cellule, des mouvements intracellulaires des macromolécules et des membranes et de son interaction avec le microenvironnement :

• Les molécules de la matrice extracellulaire et leurs interactions (entre eux et avec les cellules) et leurs fonctions.
• Les molécules d’adhérence, les jonctions cellulaires et les bases des voies de signalisation intracellulaire et les fonctions cellulaires engagées.
• Le cytosquelette, la cytoarchitecture des cellules et le transport intracellulaire (organites, vésicules et molécules) ainsi que le déplacement cellulaire.
• Composition des membranes et compartiments cellulaires ; propriétés physico- chimiques.
• Trafic intracellulaire des protéines de sécrétion, mitochondriales et nucléaires.
• Transport des protéines via les flux et fusion membranaires intracellulaires (endocytose, exocytose).

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CM et TD : Description tissulaire et cellulaire du système immunitaire. Immunité in- née (barrières superficielles et réaction inflammatoire). Reconnaissance des antigènes dans le système adaptatif (les immunoglobulines et le BCR, le récepteur des lymphocytes T (TCR), molécules d’histocompatibilité et CPA). Coopération cellulaire dans les réponses adaptatives et fonctions effectrices. Production des anticorps polyclonaux et monoclonaux, techniques d’analyse des répertoires (immunoscope) et de la réponse immunitaire.

TP : Analyse immunohistochimique des organes lymphoïdes. Dosage des cytokines par ELISA.

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Le module propose de se familiariser avec le fonctionnement d’ensembles physiologiques majeurs de l’organisme, notamment le système endocrinien (sécrétion et mode d’action des hormones, interaction hormone/récepteur, régulation hormonale de paramètres biologiques) ; le système cardiovasculaire (anatomie et physiologie du cœur, révolution cardiaque, contraction musculaire, ECG, structure et fonction des vaisseaux, physiologie des vaisseaux et de la circulation sanguine) ; organisation du système digestif (digestion mécanique, chimique, absorption intestinale).

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Le cours d’anglais a d’abord pour objectif de permettre aux étudiant.es de continuer à travailler cinq des compétences traditionnelles en langue - compréhension écrite et orale, expression écrite et orale, et interaction orale - à travers des supports authentiques (articles, documentaires, documents audio et vidéo d’internet, graphiques…) et des activités variées (exercices de compréhension, d’expression écrite, jeux de rôle, débats, présentations orales…). Les étudiant.es sont également amené.es à étoffer leur vocabulaire, à améliorer leur prononciation, et à revoir certains points de langue le cas échéant.

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Apprentissage d’exposé d’articles scientifiques, de la rédaction de rapports de stage bibliographique et de recherche, de présentations orales, de la conception d’un poster en anglais : Plan et organisation ; respect de l’équilibre ; règles pour la rédaction, la présentation des figures et la préparation des diapositives, différence entre exposé bibliographique et de recherche, critères d’évaluation.

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Ce Travail d’Études et de Recherche (TER) est un exercice fondamental dans la préparation aux enseignements de Master et à la vie professionnelle en initiant les étudiants à la démarche transversale de l’analyse scientifique. Il s’agit d’une prise de contact avec la recherche. Le TER, qui est un projet tutoré, consistera en une soutenance orale concernant un sujet de Recherche, et ce à partir d’articles issus de revues scientifiques à comité de lecture et écrits en Anglais. Il servira également de fil conducteur pour les matières de la Communication Scientifique et Orale et de l’Anglais.

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L’objectif de ce module est de consolider les notions acquises sur la structure des protéines, des acides nucléiques et des structures hybrides. L’accent sera mis sur les méthodologies actuelles utilisées en biologie cellulaire permettant d’aborder les différentes structures tant d’un point de vue statique que dynamique. Les rapports entre structure, fonction et propriété seront illustrés par de nombreux exemples. A l’issue de cet élément, les étudiants seront capables de comprendre les principes et de maitriser la majorité des méthodes d’analyses des macromolécules utilisées dans un laboratoire de recherche afin de pouvoir les recontextualiser dans un projet de recherche.

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• Bactériologie : notion d’espèce bactérienne, Phylogénie appliquée aux procaryotes.
• Mycologie : classification des mycètes et pseudo-mycètes, modes de nutrition, modalités de reproduction, utilisation des mycètes et de leurs
• Virologie moléculaire: étude des familles virales les plus utilisées en vectorologie et en thérapie génique (structure et organisation de leur génome viral, leur cycle de multiplication, leur transmission et pathogénicité).

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L’objectif de ce module est d’initier les étudiants à la compréhension et à l’utilisation des logiciels de bioinformatique pour le traitement de données NGS, l’assemblage et l’annotation de génomes, les ontologies en biologie moléculaire, les relations structure/ fonction, la spectrométrie de masse et les modifications post-traductionnelles.

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L’objectif de ce module est d’aborder les bases de la neurophysiologie en insistant sur les notions d’anatomie des systèmes nerveux central et périphérique et sur la communication nerveuse. Dans ce module, les interactions entre les différents éléments du système nerveux et les mécanismes de régulation de la communication nerveuse seront étudiées. La pharmacologie des récepteurs et canaux ioniques impliqués dans cette communication seront utilisés pour mieux comprendre le fonctionnement du système nerveux.

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Cet enseignement poursuit les cours de signalisation cellulaire abordés en deuxième année de licence. Il précisera les notions de division et de mort cellulaires avec un focus sur l’activation des voies Akt-mTOR, E2F-Rb et p53. L’apoptose et le cycle cellulaire seront présentés dans le détail ainsi que la régulation transcriptionnelle des gènes prolifératifs. Le cours sera illustré d’exemples expérimentaux qui seront discutés.

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L’enseignement des CM présente les concepts de base en génétique bactérienne et génétique des champignons, et aborde des concepts plus avancés : Plasticité des génomes bactériens et fongiques (mutations, plasmides, séquences d’insertion, éléments transposables, ilots génomiques, généralisation de la notion d’élément génétique mobile, transferts horizontaux) ; Déterminants du déterminisme sexuel chez les champignons (système Mat), cycles sexuels/asexuels chez les différents clades de champignons (système Mat), cycles sexuels/asexuels chez les différents clades de champi- gnons (Zygomycètes, Ascomycètes et Basidiomycètes).

En TD, sont réalisés des exercices d’application des connaissances fondamentales de cas concrets dans les domaines de la santé, de l’environnement, de la protection des végétaux, ainsi qu’aux pratiques du génie génétique : Application au génie génétique des connaissances sur les éléments génétiques mobiles (conjugaison tri-parentale, vecteurs binaires, plasmides suicides, mutagénèse insertionnelle, système GATEWAY). Génétique formelle des haploïdes (Pré/post-réduction chez Neurospora crassa). Apport de la génomique à l’étude des génomes fongiques.

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Cet enseignement poursuit les cours de signalisation cellulaire abordés en deuxième année de licence. Il précisera les notions de division et de mort cellulaires avec un focus sur l’activation des voies Akt-mTOR, E2F-Rb et p53. L’apoptose et le cycle cellulaire seront présentés dans le détail ainsi que la régulation transcriptionnelle des gènes prolifératifs. Le cours sera illustré d’exemples expérimentaux qui seront discutés.

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Compréhension des grandes étapes aboutissant à l’activation des gènes et à la synthèse d’ARN messager chez les eucaryotes et les procaryotes.

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Cet enseignement permet d’étudier de manière détaillée les principaux mécanismes cellulaires et régulateurs moléculaires mis en place lors des différenciations cellulaires notamment neurale et musculaire. Lors de travaux pratiques, l’analyse de voies de signalisation, de profils d’expressions géniques et de programmes transcriptionnels au cours du temps et en fonction de son environnement, permettra de visualiser l’évolution du rôle d’une population cellulaire.

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Connaitre les principes généraux de toxicologie, les différents types de xénobiotiques et polluants ainsi que les mécanismes de détoxification des organismes vivants.

Appréhender la fonction venimeuse : du venin impliqué dans les stratégies de défense/prédation à l’identification des toxines à l’origine des symptômes humains.

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Le cours d’anglais a d’abord pour objectif de permettre aux étudiant.es de continuer  à travailler cinq des compétences traditionnelles en langue - compréhension écrite et orale, expression écrite et orale, et interaction orale - à travers des supports authentiques (articles, documentaires, documents audio et vidéo d’internet, graphiques…) et des activités variées (exercices de compréhension, d’expression écrite, jeux de rôle, débats, présentations orales…). Les étudiant.es sont également amené.es à étoffer leur vocabulaire, à améliorer leur prononciation, et à revoir certains points de langue le cas échéant.

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Le module vise à acquérir les bases de l’analyse de données par des approches statistiques. La première partie vise à apprendre à construire un plan expérimental et à utiliser les méthodes d’exploration graphiques. La seconde partie aborde les principes généraux des tests d’hypothèse et la procédure de sélection d’une approche statistique paramétrique ou non paramétrique. La troisième partie détaille les principaux tests paramétriques et leur pendant non paramétriques utilisés en biologie et géosciences. La dernière partie porte sur les bases du calcul matriciel et son application dans les analyses statistiques multivariées.

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L’objectif de ce module est de donner aux étudiants des notions de programmation en python afin qu’ils puissent lire un code écrit en python et biopython (avec l’aide d’un tutorial) et de le modifier pour l’adapter à leur propre besoin (changement de format de fichier de données, extractions d’informations d’un fichier tabulé). Les notions vues en cours seront mises en pratique en TD en salle informatique et par des exercices mis à disposition en distanciel.

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Structure des génomes. Génome des procaryotes (notion d’opéron), génome nucléaire des eucaryotes (différentes classes d’ADN), génomes cytoplasmiques (structure, transmission et expression ; théorie endosymbiotique). Génomique. Expansion des génomes (polyploïdie, duplication de gènes, éléments transposables). Epigénétique.

Etude approfondie de la réplication. Différents mécanismes de réparation de l’ADN. Méthodes d’analyse de l’ADN (PCR, PCR quantitative, clonage, banque et criblage, séquençage). Polymorphisme et marqueurs moléculaires. Les différents champs d’application.

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Cet enseignement permet d’appréhender à la fois l’universalité et la diversité du métabolisme énergétique d’une cellule eucaryote animale et végétale (glycolyse, néoglucogénèse, cycle de l’urée, cycle des pentoses phosphates, chaine respiratoire, phosphorylations oxydantes, interactions C/N, cycle de Krebs, autophagie, transporteurs navettes, espèces réactives de O/N), et de se familiariser avec les grands modes de régulations métaboliques en réponse aux changements de l’environnement (flexibilité du métabolisme et adaptations).

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Le module traite des grands mécanismes qui régissent le développement et reproduction des plantes, et en particulier des mécanismes permettant la détection et la réponse aux signaux environnementaux, que ce soit dans l’environnement naturel ou dans un contexte agronomique. L’objectif est d’acquérir une bonne compréhension des aspects physiologiques et moléculaires de la photomorphogenèse, de la floraison, du développement des semences et des fruits sont abordés. Une partie de l’enseignement pourra être dispensée en anglais.

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Ce module permet d’acquérir des connaissances générales sur les mycètes en considérant notamment leurs structures et organisations, leurs modes de vie et leurs rôles dans l’écosystème. Le contenu des enseignements magistraux est illustré lors des séances de TP qui consistent principalement en l’isolement et l’observation d’un grand nombre de mycètes et en l’analyse de leur croissance.

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Connaître la morphologie des fleurs et des inflorescences, ainsi que les modalités des sporulations et de mise en place des gamétophytes. Connaître les modalités de la pollinisation, les mécanismes d’auto-incompatibilité ainsi que le mécanisme de double fécondation. Connaître les différentes formes d’apomixie, ainsi que la typologie des graines et des fruits.

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Le module traite des concepts fondamentaux de la physiologie végétale : nutritions hydrique, minérale et carbonée ; métabolisme carboné et transduction de l’énergie (photosynthèse et respiration) ; développement (germination, floraison) et sa régulation (photomorphogenèse, régulateurs de croissance). L’impact de l’environnement (sol, climat, atmosphère) sur le fonctionnement des plantes est abordé.

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• Transmission de l’information génétique : historique. Génétique et divisions cellulaires. Monohybridisme, dihybridisme, indépendance, interactions géniques et liaison génétique. Etablissement de cartes génétiques. Hérédité liée au sexe.

• Flux de l’information génétique : rappels de la structure et des propriétés des acides nucléiques. Mécanisme de réplication. Structure et fonction des gènes : mécanismes de transcription et de Techniques d’analyse de l’ADN (PCR, clonage, séquençage,…) et de l’expression des gènes (RT-PCR, Q-RT-PCR, puces à ADN, western-blot,..). Les différents types de mutations et leurs conséquences sur l’expression des gènes.
• Structure des génomes : organisation du génome nucléaire des eucaryotes. Les différentes classes d’ADN. Structure et expression des génomes Théorie endosymbiotique. Génomique. Expansion des génomes (polyploïdie, duplication de gènes, éléments transposables). Epigénétique.

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L’organisation cellulaire, la place dans le monde vivant, les modes trophiques, ainsi que les grands groupes taxonomiques des principaux microorganismes (bactéries, champignons) seront présentés.

Au niveau pratique, les étudiants pourront se familiariser avec les techniques fondamentales de la microbiologie : cultures de bactéries et champignons sur milieu synthétique, respect et mise en œuvre des conditions d’asepsie et de stérilité, mise en œuvre de critères morphologiques et biochimiques dans un but d’identification.

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Connaître les caractéristiques histologiques des principaux tissus végétaux et leurs fonctions ainsi que l’anatomie des organes végétatifs des Angiospermes. Savoir interpréter les caractères histologiques d’un organe végétal en lien avec son âge, ses fonctions physiologiques, ainsi que l’environnement de la plante. Connaître les caractéristiques de la reproduction (multiplication végétative et reproduction sexuée) des différents phylums végétaux.

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En s’appuyant sur la lecture d’articles proposés par l’enseignant et par les étudiants, une réflexion sera menée en groupe sur le végétal en tant qu’être vivant en interaction avec d’autres vivants dans son écosystème et sur le végétal dans un système de production où il devient un produit, une marchandise ou encore une usine de production de molécules.

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Le cours d’anglais a d’abord pour objectif de permettre aux étudiant.es de continuer à travailler cinq des compétences traditionnelles en langue - compréhension écrite et orale, expression écrite et orale, et interaction orale - à travers des supports authentiques (articles, documentaires, documents audio et vidéo d’internet, graphiques…) et des activités variées (exercices de compréhension, d’expression écrite, jeux de rôle, débats, présentations orales…). Les étudiant.es sont également amené.es à étoffer leur vocabulaire, à améliorer leur prononciation, et à revoir certains points de langue le cas échéant.

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Les étudiants sont entrainés à communiquer des résultats scientifiques oralement en s’aidant d’un support iconographique (PowerPoint) ou à l’aide d’affiche (Poster). L’objectif est d’apprendre à structurer un message et à le présenter avec rigueur et concision. Cette formation est utilisée par les étudiants pour présenter oralement leur travail de TER.

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Les étudiants sont encadrés par un tuteur qui les initient à la recherche bibliographique. Dans cet exercice les étudient participent à la définition des contours de leur sujet de recherche. Ils compulsent la bibliographie, en extraient l’information utile à leur thématique et rédigent un mémoire d’une dizaine de pages. Ce travail est présenté oralement en une dizaine de minutes.

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Comprendre comment les processus physiologiques (du niveau cellulaire/moléculaire à celui de la plante entière), et les interactions avec des facteurs externes (abiotiques : sol, climat) et biotiques (symbiotes et pathogènes) agissent sur l’élaboration de la biomasse végétale, dans le contexte agronomique, par exemple pour la production de biocarburants.

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• Fondements de la phytopathologie : symptômes, dégâts, diagnostic, épidémio-surveillance et méthodes de lutte. Présentation des grands groupes d’agents pathogènes. Types de résistance des plantes aux maladies.
• Cartographie génétique : descendances et marqueurs moléculaires.
• Génétique quantitative : valeur phénotypique, valeur génotypique, interaction génotype-milieu, valeur allélique. La notion de QTL est abordée de façon simplifiée.

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Acquérir des connaissances sur l’adressage des protéines dans les cellules végétales et sur les approches actuelles en biologie cellulaire des plantes. Réaliser des observations de la dynamique des organites et s’initier à l’analyse d’image en microscopie à fluorescence.

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Fondements de la génétique des populations. L’équilibre de Hardy-wainberg, la consanguinité. La dérive, une marche aléatoire. Étude de la dérive en termes de consanguinité, étude de la dérive en termes de diversité. Les mutations. Intégration de la dérive et des mutations : la théorie neutraliste de l’évolution moléculaire. Migrations, sélection.

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Acquérir une solide compréhension des mécanismes d’adaptation photosynthétiques et de réponse des plantes aux stress abiotiques, ainsi que de leur importance en matière de productivité des cultures.

Développer un sens critique et amorcer une capacité d’innovation pour aborder des questions relatives à la physiologie et à l’adaptation des plantes.

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Le cours d’anglais a d’abord pour objectif de permettre aux étudiant.es de continuer  à travailler cinq des compétences traditionnelles en langue - compréhension écrite et orale, expression écrite et orale, et interaction orale - à travers des supports authentiques (articles, documentaires, documents audio et vidéo d’internet, graphiques…) et des activités variées (exercices de compréhension, d’expression écrite, jeux de rôle, débats, présentations orales…). Les étudiant.es sont également amené.es à étoffer leur vocabulaire, à améliorer leur prononciation, et à revoir certains points de langue le cas échéant.

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Le module vise à acquérir les bases de l’analyse de données par des approches statistiques. La première partie vise à apprendre à construire un plan expérimental et à utiliser les méthodes d’exploration graphiques. La seconde partie aborde les principes généraux des tests d’hypothèse et la procédure de sélection d’une approche statistique paramétrique ou non paramétrique. La troisième partie détaille les principaux tests paramétriques et leur pendant non paramétriques utilisés en biologie et géosciences. La dernière partie porte sur les bases du calcul matriciel et son application dans les analyses statistiques multivariées.

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L’objectif de ce module est de donner aux étudiants des notions de programmation en python afin qu’ils puissent lire un code écrit en python et biopython (avec l’aide d’un tutorial) et de le modifier pour l’adapter à leur propre besoin (changement de format de fichier de données, extractions d’informations d’un fichier tabulé). Les notions vues en cours seront mises en pratique en TD en salle informatique et par des exercices mis à disposition en distanciel.

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Présenter les différents concepts évolutifs permettant de retracer l’histoire des espèces par les méthodes phylogénétiques. Ainsi seront abordés les méthodes cladistiques sur les traits qualitatifs et quantitatifs de la morphologie des organismes ainsi que des concepts et outils utilisés en phylogénie moléculaire à partir des informations contenues dans les génomes. Les séances de TP et TD permettront la familiarisation avec les outils modernes de la reconstruction phylogénétique.

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Comparer la physiologie des systèmes cardio-vasculaires et respiratoire, de systèmes sensoriels (olfaction, vision) et de l’équilibre hydrique (osmorégulation, excrétion) entre différentes espèces animales.

Connaitre l’origine des rythmes biologiques et identifier les mécanismes physiologiques d’acclimatation et les adaptations animales aux contraintes environnementales telles que l’hypoxie et les températures extrêmes.

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Connaitre chez différents phylums animaux, les objets embryonnaires élémentaires et leur modification progressive au cours du développement, de la fécondation de l’œuf à l’acquisition de leur fonction par les organes chez la larve ou le juvénile. Chez les végétaux, connaitre les phases de développement clés et leurs principales régulations géniques et hormonales depuis la fécondation jusqu’ au développement floral. Dans une deuxième partie, vous aborderez les processus évolutifs (plasticité phénotypique, l’adaptation…) qui seront décrit insistant sur les interactions génotype-environnement dans un contexte de variabilité des contraintes environnementales.

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Le module traite du comportement animal et de ces différents niveaux d’analyse (fonction proximale et fonction évolutive). Sont traitées les questions des méthodes de quantification du comportement animal, du déterminisme génétique et environnemental, des types d’apprentissage, de la socialité. Les bases biologiques et les fonctions de la communication animale sont présentées ainsi qu’une première approche de la cognition animale centrée sur le traitement de l’information spatiale. La fonction évolutive est notamment abordée au travers des stratégies de reproduction et de recherche alimentaire élaborées par les populations animales.

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Le cours d’anglais a d’abord pour objectif de permettre aux étudiant.es de continuer à travailler cinq des compétences traditionnelles en langue - compréhension écrite et orale, expression écrite et orale, et interaction orale - à travers des supports authentiques (articles, documentaires, documents audio et vidéo d’internet, graphiques…) et des activités variées (exercices de compréhension, d’expression écrite, jeux de rôle, débats, présentations orales…). Les étudiant.es sont également amené.es à étoffer leur vocabulaire, à améliorer leur prononciation, et à revoir certains points de langue le cas échéant.

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Les étudiants sont entrainés à communiquer des résultats scientifiques oralement en s’aidant d’un support iconographique (PowerPoint) ou à l’aide d’affiche (Poster). L’objectif est d’apprendre à structurer un message et à le présenter avec rigueur et concision. Cette formation est utilisée par les étudiants pour présenter oralement leur travail de TER.

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Les étudiants sont encadrés par un tuteur qui les initient à la recherche bibliographique. Dans cet exercice les étudient participent à la définition des contours de leur sujet de recherche. Ils compulsent la bibliographie, en extraient l’information utile à leur thématique et rédigent un mémoire d’une dizaine de pages. Ce travail est présenté oralement en une dizaine de minutes.

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La biogéographie est l’étude de la distribution spatiale actuelle et passée de la biodiversité. Elle est fondamentalement pluridisciplinaire car elle s’intéresse à des éléments physiques, biologiques et géographiques. L’objectif de cette unité d’enseignement est de comprendre les principes de bases pouvant expliquer la distribution spatiale de la biodiversité, la typologie des milieux. Ce module sera complété par des enseignements du processus de domestication animale et végétale.

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Les objectifs de cette UE sont d’une part de présenter les concepts-clés de l’écologie et du fonctionnement des écosystèmes et d’autre part de présenter les différents types d’interactions interspécifiques, en particulier les systèmes hôte-parasite et les symbioses.

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L’enseignement des CM présente les concepts de base en génétique bactérienne et génétique des champignons, et aborde des concepts plus avancés : plasticité des génomes bactériens et fongiques (mutations, plasmides, séquences d’insertion, éléments transposables, ilots génomiques, généralisation de la notion d’élément génétique mobile, transferts horizontaux) ; Déterminants du déterminisme sexuel chez les champignons (système Mat), cycles sexuels/asexuels chez les différents clades de champignons (Zygomycètes, Ascomycètes et Basidiomycètes).

En TD, sont réalisés des exercices d’application des connaissances fondamentales de cas concrets dans les domaines de la santé, de l’environnement, de la protection des végétaux, ainsi qu’aux pratiques du génie génétique : Application au génie génétique des connaissances sur les éléments génétiques mobiles (conjugaison tri-parentale, vecteurs binaires, plasmides suicides, mutagénèse insertionnelle, système GATEWAY). Génétique formelle des haploïdes (Pré/post-réduction chez Neurospora crassa). Apport de la génomique à l’étude des génomes fongiques.

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Connaitre les principes généraux de toxicologie, les différents types de xénobiotiques et polluants ainsi que les mécanismes de détoxification des organismes vivants.

Appréhender la fonction venimeuse : du venin impliqué dans les stratégies de défense / prédation à l’identification des toxines à l’origine des symptômes humains.

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Bases d’Hydrogéologie ; les différents types de réservoirs ; les nappes et leur exploitation ; ressources et besoin en eau dans le monde - comparaison avec d’autres ressources naturelles.

Bases de pédologie : constituants des sols ; biogéochimie et altération ; pédogenèse et typologie des sols ; pratique des méthodes de caractérisation des sols.

Importance du sol comme une interface entre le minéral et le vivant et l’importance de l’hydrosphère dans ces changes.

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Le cours d’anglais a d’abord pour objectif de permettre aux étudiant.es de continuer  à travailler cinq des compétences traditionnelles en langue - compréhension écrite et orale, expression écrite et orale, et interaction orale - à travers des supports authentiques (articles, documentaires, documents audio et vidéo d’internet, graphiques…) et des activités variées (exercices de compréhension, d’expression écrite, jeux de rôle, débats, présentations orales…). Les étudiant.es sont également amené.es à étoffer leur vocabulaire, à améliorer leur prononciation, et à revoir certains points de langue le cas échéant.

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Le module vise à acquérir les bases de l’analyse de données par des approches statistiques. La première partie vise à apprendre à construire un plan expérimental et à utiliser les méthodes d’exploration graphiques. La seconde partie aborde les principes généraux des tests d’hypothèse et la procédure de sélection d’une approche statistique paramétrique ou non paramétrique. La troisième partie détaille les principaux tests paramétriques et leur pendant non paramétriques utilisés en biologie et géosciences. La dernière partie porte sur les bases du calcul matriciel et son application dans les analyses statistiques multivariées.

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